Szkołę otwarła Rada Krajowa w 1911 roku. Początkowo była to szkoła jednoklasowa dla dzieci ze Śledziejowic, Kokotowa i Czarnochowic. Kierowniczką i jedyną nauczycielką była Michalina Ciepielowska- Skoczowa. Po odzyskaniu niepodległości powołano dwuklasową Szkołę Powszechną, przydzielając drugą nauczycielkę. Budynek był parterowy, mieściły się w nim trzy izby lekcyjne. W 1939 roku dobudowano piętro. Do roku szkolnego 1972/1973 funkcjonowała szkoła ośmioklasowa. W roku 1972/1973 nastąpiła reorganizacja, w wyniku której zlikwidowano klasy IV-VIII. Szkoła funkcjonowała wówczas jako punkt filialny zbiorczej Szkoły Gminnej w Wieliczce. Od roku 1985/1986 funkcjonuje jako szkoła samodzielna pięcioklasowa. Od roku 1986/1987 Szkoła Podstawowa w Śledziejowicach jest szkołą sześcioklasową, samodzielną i jednooddziałową. Dzięki staraniom rodziców w roku 1991 przywrócono klasę siódmą i ósmą. W związku z reformą oświaty i wprowadzeniem gimnazjów Szkoła w Śledziejowicach funkcjonuje obecnie jako sześcioklasowa szkoła podstawowa. Lata 60-te ubiegłego wieku, to początek starań mieszkańców o rozbudowę szkoły. Kilkakrotnie była gotowa dokumentacja obiektu. Brakowało jednak dwóch rzeczy: decyzji o rozbudowie szkoły i pieniędzy. Na szczęście Rada Miejska w Wieliczce wprowadziła do programu gospodarczego Gminy Wieliczka na lata 1994-1998 nowe zadanie: "Rozbudowa Szkoły Podstawowej w Śledziejowicach". Budowę rozpoczęto 1 sierpnia 1995 roku. Uroczyste poświęcenie nowego budynku miało miejsce 1 września 2001 roku. Kolejnym etapem był remont i modernizacja starego budynku. Uwieńczeniem wieloletnich starań o poprawę warunków nauczania była uroczystość nadania imienia Jana Pawła II, w dniu 1 września 2002.

W kolejnych latach szkołą kierowali:

• do roku 1970 Franciszek Zając,
• 1970 - 1973 Władysław Leśniak,
• 1973 - 1992 Teresa Buchta,
• 1992 - 2012 Teresa Kubowicz,
• od 2012 - Barbara Nowak.